google-tiedettä

GABAaRs.jpgMun tiede on ollut viime aikoina vähän matalaa. Heti paluun jälkeen piti säntäillä ympäriinsä ja olla tosi skarppi, kun labraa arvioitiin (hmm, tästä labrojen review-käytännöstä pitäisikin varmaan kirjoittaa – siis siitä, miten päätetään että onko labra nyt rahoituksensa ansainnut) – mutta sen jälkeen on ollut kovin, kovin tyhjää. Kun ei ole ollut hiiriä. Eikä oikein ideoitakaan siitä, mitä nyt pitäisi tehdä tarkalleen ottaen (lisää tästäkin myöh.)

Niin huomasinpa lopulta päätyneeni jonkinlaiseen sattumanvaraiseen tieteentekoon googlen ja muiden nettiresurssien avulla. Kahlailin artikkeleihin liitettyjä viittauskarttoja,  leikin välillä Musicoveryllä (miksei LastFM osaa scrobblaa sitä?), klikkailin Connoteasta käyttäjätunnuksia toivoen löytäväni jotain kivaa, ja lopulta menin seikkailemaan siihen Allen “perustin Microsoftin” Brain Atlasiin. 

Ja sinnepä sitten jäin. Siistiä! Ihan kuin Google Earth mutta kattellaan aivoja!

Allen Brain Atlasista (ABA) olen näköjään kirjoittanut jo aikaisemmin: 

18.9.2003: “Fortunately, Brain Sciences are so pop and hip and cool that some funding should be available still when I emerge finally (around year 2007) from the Studytube (Opintoputki) of highschool, M.Sc., Ph.D, post-doctoral studies… So mediasexy that Paul Allen, the Other founder of Microsoft, has jump-started the Allen Institute of Brain Science in Seattle.

It remains to be seen whether the usage of brain will still be possible without the Windows Media Player.” 

GAD6567.jpg😀 Jos jätämme tältä erää elämänputkipohdinnat, ja todetaan että aivojen kattelu luonnistuu Flash9:llä. Sillä sitten selvitin, että GABAa-reseptoreiden alayksiköistä voimakkaimmin ekspressoituu 1 ja 3, ja 3 näyttäis olevan vähän painottunu noihin pienempiin soluihin päin. Ja vaikka kovasti on kuviteltu toista, GAD67:n ja GAD65:n esiintyminen erilaisissa soluissa ei ehkä sittenkään ole ihan yks-yhteen – hassua, tätä on vaik kuin monet refereet multa kysyny enkä oo osannu vastata, vaikka tieto on ollut melkein googlen päässä. 

Hiukan kyllä saavat sapiskaa siitä, että ei ole scalebaareja missään, ja kuvia saa zoomailla samaan skaalaan silmämääräisesti (mä oletan Purkinje-neuronit vakiokokoisiksi ja suhteutan niillä). Ja vaikka tässä nyt kovasti tällaisia co-ekspressiotutkimuksia mukamas teen, niin ei ole tietenkään testattu kaikkia 21000:tta geeniä samalla hiirellä, vaan kaikki kuvat on eri yksilöistä (56 päivän ikäisiä C56/B57-linjan uroshiiriä ovat he.) Tarkoitus on kuitenkin tehdä ko-ekspressio-kuvausta 50:lle tärkeimmälle aivogeenille; tuloksia kuitenkaan tuskin kannattaa odottaa ihan tänä vuonna.

Eräänlaista sosiaalisoftatoimintoakin löytyy, ja valitsemillensa geeneille voi etsiä BLASTista korreloivia kavereita – mäkin pääsin tuoreentamaan muistiani geenilyhenteiden tunnistamisessa.

Kyllähän tää tästä – paljon mukavampaa kuin etsiä halukasta hiirenfiksaajaa ja toista ajamaan hankalia ja kalliita värjäyksiä.  

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s