Hiekka oli kuumaa

Tässä eräänä päivänä katsoin aamulla ulos ikkunasta ja näytti tosi kylmältä, ja lattiat oli kylmät, ja oli kurja ja kylmä talvinen olo. Laitoin sit päälleni villapuseron varuilta takin alle, on nääs ollut nuhaa ja noin.

Vasta puolessa välissä työmatkaa kiinnitän huomion siihen, että mulla on aika kuuma. Kun näen nimittäin lämpömittarin joka sanoo että +22.

Meh. Kesä on joka tapauksessa jo pitkään ollut mennyttä, ja Tokion tyttöjen muoti on nostanut pintaan rustis-etniset villapuserot, tekoturkisliivit, karvapipot ja villasaappaat joita kaikkia siis pidetään jopa kirjaimellisesti lantioluun kulmaan asti auki olevien mikroshortsien kera. “Talvishortsi” – käsite on kiehtonut mua alusta alkaen täällä, ja joka vuosi olen kuvitellut aikaansaavani sen ihmeen että hankkisin itselleni moiset. Aina se jumittaa siihen että ei täältä löydy meikäläisen takalistolle sopivia housuvaatteita. Askel oikeaan suuntaan kuitenkin otettiin, kun Sty laittoi ostamaan kivan isotaskuisen villapuseron, joka ulottuu vähän takamuksen alapuolelle ja jonka kanssa pidetään mustia sukkiksia, kirjavaa keltaista huivia ja katupoika-hattua. Sievyys ++.

Niin mutta se kesä. Pyörii mielessä tänään kun itselleni määräämän pakkoloman aikana (= siis eilispäivä) nykräsin taas yhden musavideon kasaan, kokoelmana otoksia kesän surffireissuilta. Niisk. (Vierailevina tähtinä YoEventures-retkellä broidi ja Jesse:)

(Jos klipin käy katsomassa YouTuben sivulla itsellään sen saa parempilaatuisena)

Advertisements

Pika




akinohana

Originally uploaded by marylkayoe

Eilen illalla puoli kasin aikaan huomasin istuvani työpöydän ääressä tuijottaen ruutua. Kauheasti olis ollu tekemistä, mutta aivo yksinkertaisesti hirtti kiinni enkä kyennyt edes miettimään että mitä tässä pitäisi tehdä. Menin kotiin, vaivalla jaksoin keskittyä yhteen jaksoon Frendejä ja menin nukkumaan siinä toivossa, että aivo buuttaa aamuun mennessä.

Sateessa en jaksanut sitten aamulla edes ottaa tavallista aamukävelyä, ja sen tuloksena istun nyt sit taas täällä pystyyn nukahtaneena. On hiiri odottelemassa, ja pöydällä on raapustus (taiteiltu joskus kun aivo vielä toimi) jossa on lista datasta mitä nyt tarvittaisiin ihan heti, mutta en meinaa taaskaan päästä liikkeelle.

Onneksi on viikonloppu kohta, ja vielä firman vuosipäivän kunniaksi pitkä sellainen (maanantai on vapaa), ja lisäbonuksena – varmistaakseen että työntekijät pitää vapaata, kampukselta katkaistaan sähköt viikonlopuksi. Peruutin vielä sukelluksetkin viikonlopulta, eli ehkä saa nukuttua…

Harmillisesti näyttää siltä, että mulla vois olla tässä datassa ihan näppärä tarina, mut taitaa aikaansaantikyky olla riittämättä.

edit n. 5h myöhemmin: eipä siitä kokeesta mitään tullut.Pitää yrittää jos kolmannella lattemukilla saisi jotain aivotoimintaa aikaan niin että kykenisi edes jotain vanhaa dataa organisoimaan.

Joko on lokakuu




Laboratory animal shrine

Originally uploaded by marylkayoe

Elämä menee sataan suuntaan kauheata tahtia, niin että siitä ei ehdi juurikaan raportoimaan. Keskityn siis näköjään vaihteeksi höpisemään sekalaisia tieteeseen liittyviä juttuja. 

Tavallaan jatkona tuolle parin päivän takaiselle keskustelulle tieteen julkaisukeskeisyydestä (ja erityisesti high-IF-julkaisukeskeisyydestä): korkean profiilin lehtien (kuten Nature) politiikkana on usein se, että julkaistava artikkeli ei saa sisältää dataa joka olisi ollut aikaisemmin esillä. Tämän vuoksi konferensseissa ja seminaareissa on yhä vähemmän esillä mullistavaa uutta tietoa; pikkulehdet eivät ehkä sure sitä, että Fig 2B oli ollut jonkun posterin osana toissavuonna, mutta jos labralla on mahdollisuus jättipottiin Naturessa ei sitä sovi maailmalla esitellä. Postereiden sisältö alkaa yhä enenevissä määrin olla pelkkiä julkaisufiguureita, ja korkean profiilin esitelmätkin keskittyvät esittelemään toissavuotisia tuloksia. Kyselytauon aikana puhuja vastaa entistä useammin “mielenkiintoinen kysymys, olemme tutkimassa sitä, toistaiseksi en voi sanoa asiasta julkisesti enempää”. 
Vähän kun vielä tästä jatketaan niin eihän kohta sinne konferenssiin enää kannata mennä (muuta kuin networkkaamaan).
Reipas joukko fyysikoita oli ilmeisesti kypsynyt tilanteeseen. Konferenssissa, jossa toinen ryhmä pikaisesti esitteli tuloksia jostain avaruuden dark matter – mittauksista (jotain, mitä ilmeisesti koko ala odottaa kieli vyön alla), tyypit rauhallisesti valokuvasi diat esitelmän aikana, reprosi niistä datat ja julkaisi artikkelin suurinpiirtein otsikolla “Konferenssiesitelmässä kerrottiin että dark matteria on liikaa”. Missään vaiheessa eivät he väitä, että olisivat itse nämä datat keränneet, vaan mielestään tiedottavat laajemmalle yleisölle että tällaista dataa on esitetty ja jatkavat pohtimalla niiden implikaatioita ja muuta. 
Tutkimuksen tehnyt ryhmä on tietysti raivoissaan, mutta toisaalla pohditaan, eroaako tämä millä tavalla tavallisesta tiedeuutisoinnista? Repro-raportit julkaistiin fyysikoiden arXiv-preprint -servereillä tietysti, eikä Tiede 2000-lehdessä, mutta julkaistaanhan Naturessakin uutisia ja raportteja konferensseista. (Naturen uutisjuttu tästä jupakasta muuten tässä.)
Piihpuuh. Mitäs tässä taas muuta voisi sanoa kuin että systeemi on edelleenkin jotenkin viallinen.

Lyhtyjä pimeässä




Ufo in Osezaki

Originally uploaded by marylkayoe
Kemian nobel-palkinnon julkistus aikaansai täälläpäin pientä hurrausta. Palkintohan meni siis kolmelle tieteentekijälle, jotka olivat osallistuneet vihreän fluoresoivan proteiinin (Green Fluorescent Protein, GFP) löytämiseen ja sen hyötykäytön kehittämiseen. Monet tämänkin blogin lukijoista ovat varmaan kuulleet fluoresoivista porsaista, pupuista, kissoista ja hiirien aivoista (joilla siis minä teen töitä) – asioita, jotka toki on khuul ja siistejä, mutta pitääkö niistä ihan nobelinpalkintoa mennä jakamaan?
Meduusasta löydetty ja eristetty fluoresoiva proteiini on kuitenkin yksi todella biotieteitä mullistanut keksintö. Se on siis aminohappoketju, joka luonnostaan taipuu tuollaiseen monimutkaiseen tynnyrimuotoon (jota alemmassa kuvassa ihastelen Naturen Second Life-saarella) ja joka vastaa lähes-UV-valoon vihreällä loisteella. Äärimmäisen hyödylliseksi sen tekee se, että GFP:tä koodaava geenipätkä on suhteellisen helppo ujuttaa mihin hyvänsä kohtaan muita geenejä.
Oleellista ei olekaan se, että saadaan koko kissa vihreäksi (tai keltaiseksi, tai punaiseksi – värivariantteja riittää nykyisin), vaan se, että fluoresenssi voidaan rajoittaa tiettyihin soluihin, tai jopa tiettyihin prosesseihin soluissa. Esimerkiksi voidaan luoda mallieläin, jossa määrätyt neuronit syttyvät loistamaan kun ne aktivoituvat vaikkapa hajusignaalin saapuessa. GFP-proteiineja voidaan liimailla kuin japanilaisia lyhtyjä reunustamaan solukalvoja, ja pientä geneettistä sorminäppäryyttä käyttämällä niiden loistaman valon väri tai voimakkuus voidaan saada muuttumaan kun solukalvon pikkuruiset pumput ja kanavat nytkähtävät käyntiin. Nykyinen labrani keskittää valtaosan resursseistaan kehittääkseen GFP-pohjaisen menetelmän aivojen koko toiminnan muuttamiseksi näkyväksi valoksi. Ensimmäiset versiot ovat jo käytössä, ja jotkin niistä ovat niin tehokkaita että pikkuaivojen toimintaa voi melko hyvin seurata suoraan kallon läpi katsomalla.

GFP.jpg

“In brain the gain comes mainly from the stain” kuuluu eräs lentävä letkautus viitaten siihen, että aivotutkimuksessa eräs kriittisimpiä ongelmia on eri neuronien tunnistaminen ja löytäminen elävässä kudoksessa. Hermosolujen spagettimuhennoksessa kaikki solut näyttää harmailta tyypistä riippumatta, ja vaikka eri tyyppiset solut on mahdollista erottaa toisistaan säilötyssä kudoksessa käyttäen sopivaa määrää molekyylibilsamagiaa ja histologisia riittejä, elävässä kudoksessa on toistaiseksi jouduttu tyytymään lajitteluun solujen sijainnin ja niiden käyttäytymisen perusteella. “Nää solut oli täs X-kohdassa  ja ne käyttäytyi tavalla Y, sovitaan et nää on nyt näitä X:n Y-soluja”. Valtaisan arbiträäristä, kun vertaa siihen että nykyään voidaan suoraan tutkia esimerkiksi GABA:aa välittäjäaineenaan käyttäviä neuroneita ja katsella millä kaikenlaisilla tavoilla ne voivat käyttäytyä. 
Itselleni tämä on tietysti vielä siinä mielessä erityistärkeää, että kaikki se tiede mitä olen tehnyt tässä viimeisen viiden vuoden aikana olisi ollut  mahdotonta tehdä ilman GFP-proteiineja. 
Tässä vielä lähes vuosi sitten filmaamani pätkä kokeesta, jossa ensi kertaa katselen uuden GFP-hiiren aivoja:
Odotetusti japanilaiset ovat onnesta soikeina tässä nobel-mitaloinnissa, ja välittömästi alkoi kuulua puheita joissa Japani aikoo jatkossa sijoittaa entistä enemmän tieteeseen ja rakentaa isomman . 
Ja sitten aivan asiaan liittymättä: miten voi hesarin otsikko olla “Muumion henkilöys vielä epävarma“?? Onko siis epävarmaa, onko muumio alunperin ollut henkilö laisinkaan? (Auttakaa, sanotaahan suomeksi oikeasti että muumion henkilöllisyys vielä epävarma?)
En halua kuulla enää ikinä kenenkään kitisevän siitä kuinka nuoriso käyttää suomenkieltä huonosti.
edit: esimerkki siitä, miten monenvärisiä neuroneita saadaan aikaan käyttämällä GFP:n varianettaja ja vastaavia tässä.

Paluu blogaamisen perusajatuksiin




Pinkku

Originally uploaded by marylkayoe

Eli siis, mitäkaikkea netistä löytyy.

Naturen uusmediasankari ja New Open Sciencen kansikuvapoika Timo Hannay kirjoittaa useammassakin paikassa (kuten esim. tässä ja tässä) siitä, miten tiedejulkaisijoiden ja tieteentekijöiden on PAKKO ymmärtää maailman muuttuneen. Erityisesti tuo jälkimmäinen on hyvää ja hauskaa luettavaa, vaikkei tiedejulkaisu omaa sydäntä lähellä oliskaan.
  
Google pelastaa taas päiväni ilmoittamalla uudesta kokeellisesta GMail-featuresta, “Mail Goggles“. Oletko koskaan lähettänyt mailia, jota olet myöhemmin katkerasti katunut? Mail Goggles-feature aktivoituu myöhäisiltaisin, eikä suostu lähettämään mailiasi ennenkuin olet ratkaissut pienen rivin matemaattisia tehtäviä. Vähän niinkuin mailiohjelmaan integroitu alkometri… 
Ja ei, tää ei ole vitsi. (Löytyyhän sieltä GMail-lisäkkeeksi matopelikin.) (Installoin sen välittömästi – sille GMail-tililleni, jota käytän tiedepoliittisesti herkkien mailien lähettämiseen…)

Joskus taannoin linkitin PLoS Medicine:ssa julkaistuun esseen otsikolla “Why most published research findings are false” – nyt samat kirjoittajat jatkavat PLoS ONE:ssa kertomalla “Why Current Publication Practices May Distort Science“. Aivan ne-ro-kas essee. Ja ihan täsmälleen oikeassa siinä, että tää nykyinen (tai, osassa maailmassa vallalla oleva) “Tiede == Naturejulkaisu” meininki on hanurista. Syvällisemminkin kuin vain siltä kantilta että tällanen tutkijanplanttu joka ei sattunut osumaan Naturejutulle graduvaiheessa on helpost lopun elämäänsä kakkoskategoriassa. 
Taloustieteen oppeja soveltamalla selviää, että nykyisestä julkaisupolitiikasta seuraa mm seuraavia ikäviä asioita:
– korkeaprofiilisissa journaaleissa julkaistaan ylilyöviä positiivisia tuloksia
– negatiivisia tuloksia (“efektiä ei ollut”) ei julkaista juuri lainkaan – tämä näkyy erityisen voimakkaasti perusbiotieteissä, joissa negatiivisten efektien mainitsemattajättäminen ei heti johda potilasvaurioihin
– impact factoreiden (IF; luku, joka tavallaan kertoo miten “tärkeä” julkaistu työ on) perässä juokseminen jättää valtaosan kaikesta tehdystä tieteestä julkaisemattomaksi (joko käytännössä tai teoriassa); itse arvioisin että n. 30% tekemästäni tieteestä (siis analysoiduista tuloksista ja päätelmistä) on julkaistu yhtään missään. 
– Koska vain harvat aiheet ovat tarpeeksi seksikkäitä tullakseen “oikeasti” julkaistuksi, tieteenteko myös keskittyy niihin jättäen valtavia alueita täysin kartoittamattomiksi samalla kun resursseja hukataan labrojen tutkiessa aivan samoja kysymyksiä
Hear, hear. Pakko tän systeemin on muuttua, oikeesti ei se vaan voi pysyä pystyssä tällasena.

Decisions, decisions.




Ikebukuro 3-choume matsuri

Originally uploaded by marylkayoe

Tässä kiertää hän kuin kissa kuumaa riisiä tätä aihetta. Että kaikenlaista pitäisi päättää, mutta kiire on ja väsy ja ahdistus ja huoli ja kaikenlainen niin että ei ehdi edes oikein miettimään.

Tällä hetkellä – huomenna tilanne saattaa olla jo toinen – mulla on edessäni kolme ihan konkreettista työmahdollisuutta ja enemmänkin sellaisia joissa ei olla päästy vielä niin pitkälle että oikeasti puhuttaisiin että milloin aloittaisin ja kuka sen maksaisi. Loppukesästä kävi ilmi, että henkilölle joka osaa viipaloida aivoja hyvin on töitä jos vaikka ihan missä hyvänsä. Minä kun olin asennoitunut sillälailla että jos oikeen yritän niin ehkä joku mut palkkaa ja meen sit sinne, eikä asiaa tarvitse sen enempää miettiä. 
Mutta nyt tosiaankin on pöydällä montakin vaihtoehtoa, ameriikassa, euroopassa ja aasiassa, ja mikä pahinta – ne kaikki on Erittäin Hyviä Vaihtoehtoja. Jokainen toki on vähän omalla tavallaan hyvä, esimerkiksi euroopanvaihtoehto on hyvä kun se on euroopassa ja ameriikanvaihtoehto taas hyvä siksi kun se on ameriikassa. Ja se Aasianvaihtoehto – no, se olisi tuolla Okinawalla. 
Euroopanvaihtoehdon huonoihin puoliin kuuluu mm. se, että se ei ole ameriikassa (siellä siis missä kuulemma pitää olla että ikinä pystyisi olemaan kukaan), ameriikan huono puoli on että se ei ole euroopassa missä perhe, kaverit ja suurin osa tähän astisesta tiedekontaktiverkostostani on, ja kummassakin näissä on se huono puoli että eivät ole Japanissa tai Okinawalla ja sukeltaminen on siinä suhteessa heikompaa (paitsi että säikähdin tarkistaessani kartalta missä Bahamat on, nopsammin sinne lentää New Yorkista varmaan kuin Tokiosta Okinawalle…). Ameriikkaan tarvii jonkun hankalan viisumin, tosin; eurooppaan ei, ja jos jäisin Okinawalle niin voisin olla jo hakemassa permanent residencyä. 
(Kuinka siistiä! Mielestäni ihmisen pitäisi kerätä niin monta klubikorttia kuin kykenee. Ikinä ei tiiä mihin maailma menee… jos lähden maasta kun kontrahti loppuu, jää vakkariasiakkuuskortti saamatta.)
Euroopanpaikka on sillai vähän tylsässä kaupungissa (Rotterdam) että sinne ei varmaan kukaan tulisi kylään ikinä, toisin kuin ehkä New Yorkiin tai Okinawalle; toisaalta, sieltä pääsisi itse käymään paikoissa (eurooppalaiset työajat ja lomat, nääs) helpommin kuin muualta. Okinawa on kyllä sit in the middle of f***n nowhere. Niin ja New Yorkin paikka on oikeasti Bronxissa eikä missään Manhattanilla, ja kyseinen instituuttikin on joidenkin mielestä se paikka mihin nykissä menee ne jotka ei muualle pääse.
Ihan joka paikassa on tosi mukavia ihmisiä jotka haluaa ihan oikeasti mut duuniin; aloittaa voisin käytännössä milloin vain ja sillai. Nature-paperia ei ole mistään luvassa tällä mun hupsulla alallani, mutta New Yorkissa olis tyyppi joka on tehnyt jo naturepaperin aiheesta joten ehkä tulis toinenkin, ja Euroopassa olis varsin kuuluisa tyyppi joka varmasti tekee hyvää tiedettä ja sillä on näkemys, ja Okinawalla pääsisin yhdistämään osaamistani ihan uuteen juttuun josta olis mulle aivan varmasti hyötyä. 
Piihpuuh. Asiaa ei varsinaisesti auta – tai sitten auttaa – se, että kontrahtini on loppumassa alle 4 kk sisään, ja sitä ennen ois kiva tehdä jotain päätöksiä. Joka toinen päivä olenkin jo tullut vakaaseen päätökseen, että irtisanon itseni vuoden lopussa ja annan piutpaut koko tyhmälle tieteelle. Joka toinen päivä sitten olen aamusta päättänyt valita vaikean ja kivikkoisen tien tähtiin ameriikan kautta, iltapäivällä vakaumukseni on että euroopan networkit takaa tulevaisuuden, ja illalla olen taas muistanut sen että sillai ihan ihan aikuisten oikeasti, mun pitäisi pitää vuosi taukoa ja hengähtää ja kerätä ajatukseni, joita ilman koko tää kohkaus on vaan kohkausta, politiikkaa ja seuraavan paperin ännien laskemista.
Mielialanvaihtelujen frekvenssi alkaa oikeasti olla sitä luokkaa, että alan surisemaan.
edit: Kyllä, ymmärrän että on noloa vinkua siitä kuinka elämä on kamalaa ku on liian monta eri työpaikkavaihtoehtoa liian monella eri mantereella. Eikä yksikään niistä ole huono vaihtoehto.

Samukunatchattaaa…




CIMG3562

Originally uploaded by marylkayoe
Vihdoinkin, kaikkien näiden vuosien jälkeen, epäonnistuin tekosyiden kehittelyssä ja JoyKrabak sai mut houkuteltua mukaansa vuoristoretkelle yöksi. Kiipesin, kiipesin, läähätin, hikoilin ja palelin, mutta nukuin aivan naurettavan hyvin makuupussissa. Lauantai-aamuna matkaan lähtiessä sää oli kuin suomalainen kesä parhaimmillaan, raikas tuuli ja sinivalkoinen taivas. Sunnuntaina kotiin palatessa päällä oli lämmin fleece, eikä ilman sitä enää tarkene kotona. Eilen aamulla laitoin vessanpytynlämmittimen päälle ja illalla kaivoin täkin komerosta. Kesä on nyt loppu. 😦


Google palauttaa iloiksemme indeksinsä vuodelta 2001 – tästä voi käydä kokeilemassa, mitä kaikkea oli netissä oli tuolloin. Selkeesti oli tämä henkilökohtainen brändini silloin paremmin hoidossa – etunimihaku toi ensimmäisenä kaksi kotisivuani. Nykyään Nature Networkin profiilisivu on haussa toisena Marylka-haulla.

Endless hours of fun, kun vielä yhdistää hupiin internet archiven. “apple phone” tuo applen kontaktitiedot (ensinnä tosiaan postiosoite ja puhelinnumero), wikipediassa on 13000 artikkelia ja “big brother” löytää Big Brother Awardin, joka jaettiin vuosittain “to the government and private sector
organizations in their countries which have done
the most to threaten personal privacy in their
countries.

(Endless hours of fun siis, jos olis jotain endless hours’eja.)
Viimeinkin olen myös oppinut sen, miten näppäimistöltä saadaan japaninkielessä välttämätön nuottimerkki ♪: kirjoitetaan hiraganoilla “onpu” ja nuotti tulee kirjoitusasuvalikkoon. Jee! Nuottiahan tietenkin käytetään vähän hymiöiden tai emoticoiden tapaan, esimerkiksi näin: 
“Menenpä tästä viipaloimaan aivoja … ^^… ♪… “
Viimeiseksi kirjoitusmerkkiasiaksi: kaikkien näiden vuosien jälkeen on mulle syntynyt parikin nimiehdokasta – siis, miten “Yoe”:n voisi kirjoittaa japaniksi. Zamamin porukat ehdotti yo-e 世恵 (suurinpiirtein “world spirit”), mutta koto-soittotutun mielestä se on ihan liian maanläheinen tai “plain” mulle ja sen sijaan hänen mieleensä tulee ensinnä 夜絵 (“evening painting”). Pitänee tehdä tämän(kin) asian suhteen joku päätös, niin että saa hankittua itselleen virallisen hankon…